För att bedriva vår verksamhet har Karuna två styrelser. Buddhistmunken Chewong Tschering är ordförande i den nepalesiska styrelsen. Han sitter med i styrelser för ett tiotal andra biståndsorganisationer i Nepal. Den nepalesiska styrelsen ansvarar för de frågor som en icke-medborgare inte kan ansvara för i Nepal. Det handlar till exempel om signerade av hyreskontrakt och anställningsavtal för personalen på barnhemmet.

Fredrik Jonsson från Göteborg grundade Karuna i april 2014 och har varit ordförande sedan dess i den svenska styrelsen. I tätt samråd med personalen på barnhemmet är det Fredrik som styr hur driften av barnhemmet ska utföras. Det är också den svenska styrelsen som har det övergripande ansvaret för hela Karuna som organisation.